Jeg har søgt høj og lav, og den bedste quick’n’dirty måde at gøre det på, er følgende:

1. Marker og kopier alle tabeller du vil have slettet i venstre kolonne i phpMyAdmin
2. Indsæt i Notepad
3. Søg og erstat prefixet med prefix plus “; drop table ” foran:
   F.eks.
   1. Søg:  “wp_”
   2. Erstat: “; drop table wp_”
4. Slet det første “;” i første række
5. Indsæt i SQL-fanebladet på databasen og kør det

Det skulle undre mig, om ikke der er en mere “rigtig” måde at gøre det på. Kender du denne, må du meget gerne poste en kommentar.

Kilde:

http://discuss.joyent.com/viewtopic.php?id=6247